代谢工程
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计算在组内服务器执行，经阿里云中转；支持大肠杆菌 / 酿酒酵母 / 解脂耶氏酵母 内置酶约束模型与自定义模型上传，同一套模型选择在各计算间复用。
模型体检
新模型或求解器异常时的第一步排查：培养基碳源 / 氧 / 产物交换边界检查 + 可行性冒烟测试（识别碳 LB=0 导致的假 0 解陷阱）+ 探针（基因 / UniProt / 反应 ID）在模型中的存在性校验。
PhPP 表型相平面
碳源摄取 × 氧（或氮 / 自定义第二轴）摄取双轴 FBA 网格扫描：3D 生长曲面、影子价格限制类别图、 最优线（LO）与实验点叠加，用于发酵瓶颈诊断（碳限制 / 氧限制 / 双限制 / 无效循环） 与供氧补料策略评估。
FBA 通量平衡分析
单点通量平衡分析：自定义目标反应与优化方向，碳源 / 氧摄取速率约束，可选关闭其它有机碳交换， 可选 GLPK / HiGHS 求解后端，输出目标值与关键反应通量。
FVA 通量范围分析
通量可变性分析：在最优生长约束（可调最优比例下限）下，计算指定反应的最小 / 最大通量区间， 用于判断通量自由度与替代路径；反应列表必填（≤50 个）。
基因敲除模拟
批量敲除基因或反应（≤40 个），报告野生型生长率、每个敲除的 μ 保留比例与致死判定， 可追踪产物通量变化；存活靶点支持一键派生 MOMA / FSEOF 高级方法。
理论最大产率
FBA 二分法求产物 / 碳源理论最大产率 YPS（mol/mol 与 g/g 双单位）， 双场景：不生长绝对上限 + 保留生长的产物相关上限，并给出 qPmax 参照。
FSEOF
强制产物通量下搜索必须同步上调的酶 / 反应，输出过表达（放大）候选列表。
loopless 检查
无热力学环通量检查：剔除依赖无效循环（违背热力学）的通量分布。
MOMA
敲除后最小代谢扰动：量化敲除后代谢流相对野生型的重排程度（需敲除集）。
ROOM
敲除后调节开关最小化：以最少的调控变化模拟敲除后的稳态（需敲除集）。
MCS 最小切割集
搜索阻断目标通量的最小反应敲除组合（依赖服务器端 straindesign）。
OptForce
对比野生型与目标产率约束，给出必须上调 / 下调的强制通量变化集（依赖 straindesign）。
OptKnock
生长-产物耦合敲除设计：搜索使产物分泌成为生长最优解的敲除组合（依赖 straindesign）。
dFBA 动态模拟
动态 FBA：分时段模拟培养过程中的生长、底物消耗与产物演化。