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代谢工程在线计算
PhPP 相平面扫描 · FBA/FVA 点算 · 基因敲除模拟 · 理论最大产率 · 模型体检
服务检测中…
我的模型（编辑后复用）
加载中…
新建模型版本（选基础模型 → 逐条加操作 → 保存）
版本名称（≤40 字）
基础模型
大肠杆菌 E. coli（内置）
酿酒酵母（内置）
解脂耶氏酵母（内置）
或基于已上传模型（填上传后返回的 model_id，留空不使用）
操作类型
敲除基因
敲除反应
添加反应
修改边界
目标（基因/反应 ID）
反应式（添加反应时；如 ac_c + atp_c -> accoa_c + adp_c）
下界（添加/边界）
上界（添加/边界）
+ 添加操作
保存版本
AI 填参：描述想要的模型版本（基于内置物种）
AI 填参
提交计算
PhPP 相平面
FBA 点算
FVA 范围分析
基因敲除
理论最大产率
模型体检
高级方法
物种 / 模型（所有计算类型共用）
大肠杆菌 E. coli（eciML1515 酶约束）
酿酒酵母（ecYeastGEM 酶约束）
解脂耶氏酵母（eciYali 酶约束）
上传自定义模型…
模型文件（.xml / .sbml / .json，≤50MB；点算与高级方法仅支持 .xml / .sbml）
碳源交换反应 ID（PhPP 必填）
氧交换反应 ID（PhPP 必填）
网格密度
10 × 10（快速冒烟）
40 × 40（正式）
第二轴（纵轴因素）
氧气 O₂（经典 PhPP）
氮源 NH₄（碳氮比 C/N 平面）
自定义反应 ID…
碳源摄取上限
纵轴摄取上限（氧 / 氮 / 自定义）
最小培养基（推荐：封非必要交换，自动开放无机离子）
追踪反应通量（可选，如 EX_ac_e）
高级选项（实验点 / 保持开放交换 / 产物目标函数）
实验点：碳摄取 VC
实验点：氧摄取 VO
碳源交换 ID 覆盖
纵轴交换 ID 覆盖（第二轴选氧气时也可用）
keep-open（额外开放，逗号分隔）
补充碳源（固定速率）
补充碳源速率
目标函数（产物反应）
生长下限 (1/h)
摄取符号约定
负值摄取（默认）
正值摄取
单点求解硬超时（秒，0 关闭；GLPK 卡死时自动跳过该点）
目标反应（留空 = 生物量）
优化方向
最大化 max
最小化 min
生物量反应 ID（留空 = 模型默认）
碳源交换反应 ID
碳摄取速率（mmol/gDW/h）
氧交换反应 ID（可选）
氧摄取速率（可选）
关闭其它有机碳交换（推荐：模拟单一碳源）
求解器后端
GLPK（默认；loopless/全模型 FVA）
HiGHS（快、免疫 GLPK 卡死；仅子集 FVA，需服务器装 highspy）
FVA 反应列表（必填，逗号分隔 ≤50）
目标反应（留空 = 生物量）
优化方向
最大化 max
最小化 min
生物量反应 ID（留空 = 模型默认）
碳源交换反应 ID
碳摄取速率（mmol/gDW/h）
氧交换反应 ID（可选）
氧摄取速率（可选）
最优比例下限（0~1）
关闭其它有机碳交换（推荐：模拟单一碳源）
求解器后端
GLPK（默认；全模型 FVA）
HiGHS（快；仅列表 FVA，需服务器装 highspy）
FVA 在"目标 ≥ 最优值 × 比例下限"的约束下，逐一求解每个指定反应的最小 / 最大通量， 输出通量自由度区间；列表越长计算越慢。
基因 ID 列表（逗号分隔，≤40 个）
反应 ID 列表（可选，逗号分隔）
组合敲除（可选，每行一个组合，基因用逗号分隔；单组合 ≤6 基因，≤20 组合）
把上方基因列表生成两两组合
产物反应 ID（追踪通量变化，可选）
碳源交换反应 ID
碳摄取速率（mmol/gDW/h）
氧交换反应 ID（可选）
氧摄取速率（可选）
求解器后端
GLPK（默认）
HiGHS（暖启动 ~25ms/候选，免疫 GLPK 卡死；需服务器装 highspy）
产物交换反应 ID（必填）
碳源交换反应 ID（必填）
生物量反应 ID（必填）
产物分子量（g/mol，必填）
碳源分子量（g/mol，必填）
生长保留比例（0~1，产物相关上限）
碳摄取速率（mmol/gDW/h）
产物方向
分泌（正通量）
摄取（负通量）
碳源交换反应 ID（留空 = 物种预设）
碳摄取速率（mmol/gDW/h）
氧交换反应 ID（可选，只查边界不强开）
产物交换反应 ID（可选，查分泌边界）
生物量反应 ID（可选）
探针列表（可选，逗号分隔 ≤40；内置物种用 UniProt ID，自定义模型用基因/反应 ID）
体检只回答：模型能否生长、边界是否开放、探针是否存在。原样不生长（碳 LB=0） 的模型在 OptKnock / MCS / MOMA 里会产出假 0 解——先看体检结论再跑其它计算。
方法
FSEOF — 强制产物通量下的放大候选（酶/反应）
loopless — 无热力学环通量检查
MOMA — 敲除后最小代谢扰动（需敲除集）
ROOM — 敲除后调节开关最小化（需敲除集）
MCS — 最小切割集（依赖 straindesign）
OptForce — 强制通量变化集（依赖 straindesign）
OptKnock — 生长-产物耦合敲除（依赖 straindesign）
dFBA — 动态 FBA
目标产物反应 ID（多数方法必填）
生物量反应 ID（留空 = 物种预设）
碳源交换反应 ID（留空 = 物种预设）
碳摄取速率（mmol/gDW/h）
生长保留比例（0~1）
产物方向
分泌（正通量）
摄取（负通量）
敲除集（逗号分隔，≤40；MOMA/ROOM 必填。内置 ecGEM 模型用 UniProt ID 如 P0AB80，自定义 GEM 用基因 ID）
方法专属参数 JSON（可选，如 {"fseof_top_n": 20}）
高级方法为假设级结果（未过完整流水线三重校验）；MCS / OptForce / OptKnock 依赖服务器端 straindesign，未安装时返回 unavailable（显式状态，非阴性证据）。 长方法可能运行 5–30 分钟，请耐心等待。
访问码（与站点密码相同）
提交计算
AI 填参
作业状态
—
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下载 3D PNG
下载 2D 图
网格 CSV
最优线 CSV
摘要 MD
2D 限制类别图
结果摘要
AI 解读
本次作业未生成 AI 解读（生成失败或超时会自动跳过，不影响计算结果；可下载上方摘要查看关键数字）。
下载 AI 解读 MD
计算结果
通量图（Escher，E. coli 中心代谢；拖拽缩放 / 悬停看数值）
新窗口打开通量图
下载 result.json
下载报告 report.md
下载 AI 解读 MD
用存活靶点跑 MOMA
用存活靶点跑 FSEOF
一键派生：把本次敲除结果中的存活基因靶点预填到高级方法（MOMA 评估敲除后代谢扰动； FSEOF 搜产物通量放大候选）并沿用当前"物种 / 模型"选择自动提交； 上次敲除未填产物反应 ID 时仅预填，请补填目标后手动提交。
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